Intégration du module fetch

data/alignement.py

@@ -1,3 +1,4 @@
+from fetch import wikidata, wikimedica
 import requests
 import rdflib
 
@@ -8,48 +9,16 @@ SIGNES_ET_SYMPTOMES_WIKIMEDICA_PAGE = (
 
 PREFIX_PROPERTY = "http://wikimedi.ca/wiki/Special:URIResolver/Property-3A"
 
-WIKIDATA_SPARQL_ENDPOINT = "https://query.wikidata.org/sparql"
-
 USER_AGENT = "WikimedicaDiseaseSearch/0.1 (https://gitlab.com/matteodelabre/wikimedica-disease-search)"
 
 session = requests.Session()
 session.headers = {'User-Agent': USER_AGENT}
 
-def request_wikimedica(page, request):
-    """
-    Effectue une requête SPARQL sur une page de WikiMedica
-
-    :param page: Page de WikiMedica ciblé
-    :param request: Requête SPARQL appliqué
-    """
-    data = session.get(page, stream=True)
-
-    g = rdflib.Graph()
-    g.parse(data.raw)
-    qres = g.query(request)
-
-    return [row.asdict() for row in qres]
-
-
-def request_endpoint(endpoint, request):
-    """
-    Effectue une requête SPARQL sur point d'accés
-
-    :param page: Adresse du point d'accés
-    :param request: Requête SPARQL appliqué
-    """
-    res = session.get(endpoint, params={'format': 'json' ,'query': request})
-
-    if res.status_code != 200:
-        raise Exception('Erreur {}'.format(res.status_code))
-
-    return res.json()
-
 
 nb_wikimedica_entity = 0
 nb_align_by_property = 0
 nb_align_by_name = 0
-nb_align_conflict = 0
+nb_multi_align_possibility = 0
 
 # get name and URI from WikiMedica
 request_name_uri = """
@@ -60,7 +29,7 @@ request_name_uri = """
        }
 """
 
-entitys_dic = request_wikimedica(
+entitys_dic = wikimedica.request(
     SIGNES_ET_SYMPTOMES_WIKIMEDICA_PAGE,
     request_name_uri
 )
@@ -69,10 +38,13 @@ nb_wikimedica_entity = len(entitys_dic)
 
 # Try align entity with Wikidata
 for entity in entitys_dic:
-    print()
+    # Pre-traitment on name
-    print("="*10 + " " + entity['name'] + " " + "="*10)
+    entity['name'] = (entity['name'].split("(")[0]).strip()
-    print(entity['uri'])
+    name = entity['name']
 
+    print()
+    print("="*10 + " " + name + " " + "="*10)
+    print(entity['uri'])
 
     # use Wikidata_id property
     request_prop_Wikidata_id = """
@@ -83,7 +55,7 @@ for entity in entitys_dic:
             }}
     """.format(PREFIX_PROPERTY)
 
-    prop_Wikidata_id = request_wikimedica(
+    prop_Wikidata_id = wikimedica.request(
         entity['uri'],
         request_prop_Wikidata_id
     )
@@ -95,7 +67,6 @@ for entity in entitys_dic:
     elif len(prop_Wikidata_id) > 1:
         print("Attention : il y a plus de 1 lien 'property:wikidata_id'")
 
-
     # use name of entity
     else:
         request_search_by_name = """
@@ -106,12 +77,11 @@ for entity in entitys_dic:
             VALUES ?entityLabel {{"{}"@fr "{}"@fr}}
             VALUES ?type {{wd:Q12136 wd:Q1441305 wd:Q169872}}
         }}
-        """.format((entity['name']).lower(), (entity['name']).capitalize())
+        """.format(name.lower(), name.capitalize())
 
-        list_wikidata_pages_uri = (request_endpoint(
+        list_wikidata_pages_uri = (
-            WIKIDATA_SPARQL_ENDPOINT,
+            wikidata.request(request_search_by_name)
-            request_search_by_name
+        )['results']['bindings']
-        ))['results']['bindings']
 
         if len(list_wikidata_pages_uri) == 1:
             nb_align_by_name = nb_align_by_name + 1
@@ -120,12 +90,14 @@ for entity in entitys_dic:
             print("align with 'name', 1 response")
             print(wikidata_uri['entity']['value'])
         elif len(list_wikidata_pages_uri) > 1:
-            nb_align_conflict = nb_align_conflict + 1
+            nb_multi_align_possibility = nb_multi_align_possibility + 1
             print("align with 'name', multi response")
             print(list_wikidata_pages_uri)
 
 print()
-print("nb_wikimedica_entity : ", nb_wikimedica_entity)
+print("nb wikimedica_entity : ", nb_wikimedica_entity)
-print("nb_align_by_property : ", nb_align_by_property)
+print("nb align by property : ", nb_align_by_property)
-print("nb_align_by_name : ", nb_align_by_name)
+print("nb align by name : ", nb_align_by_name)
-print("nb_align_conflict : ", nb_align_conflict)
+print("nb multi align possibility : ", nb_multi_align_possibility)
+print("nb no align : ", nb_wikimedica_entity -
+      nb_align_by_property - nb_align_by_name)

data/fetch/wikidata.py

@@ -0,0 +1,20 @@
+from .http import session
+
+WIKIDATA_SPARQL_ENDPOINT = "https://query.wikidata.org/sparql"
+
+def request(request):
+    """
+    Effectue une requête SPARQL sur le point d'accés de Wikidata
+
+    :param request: Requête SPARQL appliqué
+    :return: Réponse en json du point d'accés
+    """
+    res = session.get(
+        WIKIDATA_SPARQL_ENDPOINT,
+        params={'format': 'json' ,'query': request}
+    )
+
+    if res.status_code != 200:
+        raise Exception('Erreur {}'.format(res.status_code))
+
+    return res.json()

data/fetch/wikimedica.py

@@ -0,0 +1,18 @@
+from .http import session
+import rdflib
+
+def request(page, request):
+    """
+    Effectue une requête SPARQL sur une page de WikiMedica
+
+    :param page: Page de WikiMedica ciblé
+    :param request: Requête SPARQL appliqué
+    :return: Réponse du point d'accés sous forme d'un tableau de dictionaire
+    """
+    data = session.get(page, stream=True)
+
+    g = rdflib.Graph()
+    g.parse(data.raw)
+    qres = g.query(request)
+
+    return [row.asdict() for row in qres]